تقضي المادة (79) من اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات بأن تكون الدراسة على أساس نظام السنة الكاملة ، ويجوز أن تكون الدراسة على أساس نظام المراحل أو الفصلين الدراسيين أو أي نظام آخر طبقاً لأحكام اللوائح الداخلية للكليات .
وتجرى الدراسة بكليات جامعة أسيوط على أساس نظام الفصلين الدراسيين وذلك اعتباراً من العام الجامعي 93/1994م فيما عدا كلية الطب التي تجرى الدراسة بها على أساس نظام السنة الكاملة .
نظام الإمتحان:
وفقاً للمادة 81 من اللائحة التنفيذية لا يكون النقل من فرقة الى أخرى إلا في نهاية العام الجامعي ولا يعاد امتحان الطالب في أقسام الليسانس أو البكالوريوس في المقرر الذي نجح فيه .